Genomica dei bivalvi

I bivalvi sono un'antica classe di notevole successo evolutivo, comprendente più di 20.000 specie conosciute. Sono un gruppo interessante dai punti di vista dell'evoluzione e della biodiversità: rappresentano un ottimo modello per studiare gli adattamenti all'anos-sia/ipossia ed alle variazioni di salinità e temperatura e sono anche utili bioindicatori per il monitoraggio della concentrazione di inquinanti e metalli pesanti nell'acqua. I bivalvi sono inoltre un'importante fonte di cibo a livello mondiale, costituendo circa il 20% della produzione dell'acquacoltura globale; le vongole sono prime per produzione, seguite da ostriche, cozze e capesante. Una delle più interessanti caratteristiche dei bivalvi è la presenza di un peculiare meccanismo di eredità mitocondriale, l'eredità uniparentale doppia (Doubly Uniparental Inheritance, DUI), che fornisce un punto di vista unico per lo studio di aspetti fondamentali della biologia dei mitocondri. Tutte queste caratteristiche interessanti contrastano decisamente con la scarsità di infor-mazioni e di risorse genomiche disponibili sui bivalvi.

L'obiettivo principale di questa linea di ricerca è quello di produrre dati genomici e trascrittomici che vengono poi analizzati in un'ottica comparativa per studiare l'evoluzione dei genomi di questi molluschi.

I progetti in corso si inseriscono nell’iniziativa “Global Invertebrate Genomics Alliance” (GIGA).

Progetti in corso

• Sviluppo di metodi comparativi per l'analisi di trascrittomi di organismi non modello.
• Sequenziamento e caratterizzazione dei seguenti genomi:

1. la vongola filippina Ruditapes philippinarum. In collaborazione con il Theodosius Dobzhansky Center for Genome Bioinformatics @St. Petersburg State University (St. Petersburg, Russia), il Nuzhdin Lab @University of Southern California (Los Angeles, CA – USA), SeqOnce Biosciences (Pasadena, CA – USA), e il  Breton Lab @Université de Montréal (Montréal, Québec – Canada).
2. il bivalve di acqua dolce Venustaconcha ellipsiformis (Bivalvia Unionidae). In collaborazione con il Breton Lab @Université de Montréal (Montréal, Québec – Canada). [Referente del progetto: Sophie Breton].
3. RNA-Seq di bivalvi marini e d'acqua dolce. In collaborazione con il Breton Lab @Université de Montréal (Montréal, Québec – Canada), il Nuzhdin Lab @University of Southern California (Los Angeles, CA – USA), e SeqOnce Biosciences (Pasadena, CA – USA).

Sito web
http://giga-cos.org/