Laboratorio BiGeA Data

Parole Chiave: Genomica; genetica di popolazione; filogenesi; biodiversità; Ecologia; Evoluzione 

Il BiGeA Data Lab comprende 8 calcolatori ad alte prestazioni (in termini di capacità di calcolo e memoria) e 2 sistemi di archiviazione dati (Network-Attached Storage, NAS), accessibili in remoto, utilizzati da vari gruppi di ricerca per analisi computazionalmente intensive su Big Data. Una macchina è dedicata esclusivamente al supporto all'attività didattica di vari Corsi di Studio afferenti al Dipartimento.

Strumentazione a disposizione del laboratorio

Macchine per il calcolo:

1x Intel Xeon Gold 6238R 2.2GHz, 38.5Mb [28 cores, 56 threads]

6x Hard Drivers Bays 1.6TB SSD SAS Mix Use 12Gbps 2.5

Dual Xeon C612 Workstation/GPU

2x Xeon 14-Core E5-2680v4 2,4GHz 35MB [28 cores, 56 threads]

16x DDR4-2400 Reg. ECC 32GB module [512GB RAM]

2x Intel S4500 240GB 2,5’’ SSD SATA III

2x HGST 8TB SAS III 7.200 RPM 128MB 512E He

Dual Xeon C612 Workstation/GPU “Darth Vader”

2x Xeon 14-Core E5-2680v4 2,4GHz 35MB [28 cores, 56 threads]

16x DDR4-2133 Reg. ECC 32 GB module [512GB RAM]

1x Samsung 240GB 2,5” SSD SATA III

2x HGST 8TB SAS III 7.200 RPM 512N

Dual Xeon C612 Workstation/GPU “Darth Sidious”

2x Xeon 8-Core E5-2640v3 2,6GHz 20MB [16 cores, 32 threads]

16x DDR4-2133 Reg. ECC 16 GB module [256GB RAM]

1x Samsung 480GB 2,5” SSD SATA III

2x HGST 2TB SAS II 7.200 RPM 512N

1x HGST 8TB SATA II 7.200 RPM 128MB

2x Dell PowerEdge T620 server [80 threads] [500GB RAM]

Dual Xeon Scalable - C621 – Workstation (Didattica)

2 x Xeon 20-Core 5218R 2.1GHz 27.5MB [40 cores, 80 threads]

12 x DDR4-2933 Reg. ECC 64 GB module [768GB RAM]

1 x Intel S4510 480GB 2,5'' SSD SATA III

1x HGST 1TB SAS II 7.200 RPM

Storage:

Sinology DISKSTATION DS1621 con 6 HDD interni da 6TB ciascuno.

QNAP NAS TS-1685 con 6 HDD interni da 6TB ciascuno.

Attività didattica, di formazione e di ricerca

Il laboratorio raccoglie e mantiene le risorse computazionali a supporto di vari gruppi di ricerca del Dipartimento. Le attività in cui tali risorse sono impegnate comprendono:

· Progetti di ricerca che coinvolgono l’utilizzo e l’analisi di Big Data (Genomica; Filogenomica; Trascrittomica; Analisi di Immagine; Trattamento statistico di grandi dataset per lo studio della Biodiversità);

· Esercitazioni di corsi magistrali nell'ambito della biodiversità e dell’evoluzione;

· Preparazione di tesi di laurea triennale e magistrale, e di dottorato di ricerca;

· Archiviazioni e manutenzione set di dati e dati grezzi.