Genomica di popolazioni e tracciabilità di pesci marini

Una gestione eco-compatibile delle bio-risorse marine necessita di dati scientifici pluridisciplinari e integrati a cui gli approcci genetici e genomici contribuiscono in modo essenziale. Molteplici approcci genomici possono essere applicati a pesci non modello grazie al potenziale del Next Generation Sequencing: dalla caratterizzazione di trascrittomi alla genotipizzazione mediante Genotyping-By-Sequencing e al sequenziamento del genoma. Lo sviluppo ex-novo e l’utilizzo di tecnologie genetiche e genomiche e tools bioinformatici per l’analisi di banche dati complesse sono mirati all'identificazione e descrizione dei driver evolutivi e ambientali della biodiversità in taxa marini e l'applicazione degli strumenti sviluppati per la gestione sostenibile delle risorse della pesca.

Le problematiche affrontate nella linea di ricerca “Genomica di Pesci Marini” vertono su:

1. la risoluzione della struttura genetica delle popolazioni e degli stock ittici nelle dimensioni spaziale e temporale e dei parametri demografici correlati;
2. la definizione delle relazioni di parentela tra panel di riproduttori e discendenze e
3. la tracciabilità di specie e geogra-fica per la certificazione di prodotto.

I programmi di ricerca sono svolti su specie ittiche commerciali e di interesse conservazionistico e per l’acquacoltura. Specie target sono prevalentemente pesci marini, pelagici e demersali, individuati sulla base dei progetti di ricerca istituzionale, europea e commissionata finanziati.

I lavori scientifici peer-reviewed già pubblicati o in via di pubblicazione della linea di ricerca “Genomica di Pesci Marini” sono:

• GN Puncher, A Cariani, GBYP Consortium, F Tinti (in prep) “Spatial dynamics and mixing of Bluefin tuna in the Atlantic Ocean and Mediterranean Sea revealed using next generation sequencing”
• J Bylemans, GE Maes, E Diopere, A Cariani, H Senn, MI Taylor, S Helyar, L Bargello-ni, A Bonaldo, GR Carvalho, I Guarniero, H Komen, JT Martinsohn, EE Nielsen, F Tinti, FAM Volckaert, R Ogden (2016) “Evaluating genetic traceability methods for captive bred marine fish and their applications in fisheries management and wildlife forensics.” Aquaculture Environment Interactions 8:131-145, doi:10.3354/aei00164
• C Pecoraro, M Babbucci, A Villamor, R Franch, C Papetti, B Leroy, S Ortega-Garcia, J Muir, J Rooker, F Arocha, H Murua, I Zudaire, E Chassot, N Bodin, F Tinti, L Bargello-ni, A Cariani (2016) “Methodological assessment of 2b-RAD genotyping technique for population structure inferences in yellowfin tuna (Thunnus albacares).” Marine Ge-nomics 25: 43–48, doi:10.1016/j.margen.2015.12.002
• GN Puncher, H Arrizabalaga, F Alemany, A Cariani, IK Oray, FS Karakulak, G Basilo-ne, A Cuttitta, A Mazzola, F Tinti (2015) “Molecular Identification of Atlantic Bluefin Tu-na (Thunnus thynnus, Scombridae) Larvae and Development of a DNA Character-Based Identification Key for Mediterranean Scombrids.” PLoS ONE 10(7): e0130407, doi:10.1371/journal. pone.0130407
• I Milano, M Babbucci, A Cariani, M Atanassova, D Bekkevold, GR Carvalho, M Espiñeira, F Fiorentino, G Garofalo, AJ Geffen, J Hemmer-Hansen, SJ Helyar, EE Nielsen, R Ogden, T Patarnello, M Stagioni, FishPopTrace Consortium, F Tinti, L Bargelloni (2014) “Outlier SNP markers reveal fine-scale genetic structuring across European hake populations (Merluccius merluccius).” Molecular Ecology, 23: 118–135, doi:10.1111/mec.12568
• EE Nielsen, A Cariani, E Mac Aoidh, GE Maes, I Milano, R Ogden, M Taylor, J Hem-mer-Hansen, M Babbucci, L Bargelloni, D Bekkevold, E Diopere, L Grenfell, S Helyar, MT Limborg, JT Martinsohn, R McEwing, F Panitz, T Patarnello, F Tinti, JKJ Van Houdt, FAM Volckaert, RS Waples, FishPopTrace consortium & GR Carvalho (2012) “Gene-associated markers provide tools for tackling IUU fishing and false eco-certification.” Nature Communications 3:851, doi:10.1038/ncomms1845