Laboratorio di Genetica e Genomica Delle Risorse E dell’Ambiente Marino

Parole Chiave: biodiversità marina; genetica di popolazione; genomica marina; filogenesi; tassonomia molecolare; tracciabilità molecolare; pesci cartilaginei; risorse alieutiche.

Il Laboratorio di Genetica e Genomica Delle Risorse E dell’Ambiente Marino - GenoDREAM - è sito presso i Laboratori “Renzo Sartori”, con sede a Ravenna in Via S. Alberto 163. Il GenoDREAM svolge esclusivamente attività di ricerca istituzionale e in collaborazione con PMI e Organizzazioni non governative del settore ittico e della conservazione marina (non offre prestazioni conto terzi).

L’attività didattica viene svolta negli attigui laboratori didattici, oggi ubicati presso l’ITAS (Istituto tecnico Agrario Sperimentale) di Via dell’Agricoltura 5.

Il GenoDREAM è fondamentalmente un laboratorio di neo- e archeo-zoogenetica marina e conduce prevalentemente analisi biomolecolari su campioni di tessuti di animali marini e analisi bioinformatiche di genetica e genomica di popolazione con lo scopo di indagare

1. i rapporti filogenetici evolutivi tra le diverse specie marine,
2. la struttura e la connettività delle popolazioni marine,
3. i cambiamenti spazio-temporali riproduttivi e demografici delle popolazioni marine di specie e popolazioni prioritarie per la gestione della pesca e la conservazione biologica, anche attraverso l’analisi di campioni museali, storici e archeologici;
4. la tassonomia e la tracciabilità di specie e origine geografica di specie commerciali e di interesse conservazionistico.

I principali taxa animali target del GenoDREAM sono

• pesci cartilaginei, con diverse specie di razze e squali del Mediterraneo, tra cui squalo bianco, verdesca, squali demersali, razze endemiche e cosmopolite; pesci sega;
• pesci ossei, con numerose specie-risorsa per la pesca tra cui il tonno rosso, i tonni tropicali, il nasello, le sogliole;
• invertebrati marini, con diverse specie di crostacei e molluschi commerciali.

Metodi e tecnologie “core” utilizzate dal GenoDREAM e svolte internamente o mediante servizi esterni sono quelle dell’analisi del DNA e dei suoi marcatori, sia genetici che genomici con la produzione e l’analisi di dati genetici relativi alla variazione di loci microsatelliti e mitocondriali e di dati genomici relativi alla variazione di loci SNP ottenuti con tecnologie Next Generation Sequencing quali Genotyping-By-Sequencing e Restriction-site Associated DNA sequencing. Accanto a queste tecnologie “core”, il GenoDREAM ha implementato, attraverso collaborazioni con altri laboratori, competenze e tecnologie per l’analisi del DNA antico, metodi di analisi di morfometria geometrica, tecnologie di analisi di microelementi e radioisotopi.

Strumentazione del laboratorio

• Dotazione strumentale di base per le analisi biomolecolari del DNA: bagnomaria, thermomixer, centrifuga refrigerata, autoclave, cappa chimica, vasche elettroforetiche per l’analisi del DNA su gel di agarosio, termociclatori per PCR, transilluminatore a raggi UV, Qubit per quantificazione DNA e RNA, cappa a flusso laminare, strumentazione e kit per estrazione DNA.
• Dotazione ICT per le analisi di dati genetici e genomici: GenoDREAM server costituito da un Server PowerEdge R740XD, con processore Intel Xeon Gold 6238R 2.2G, 28C/56T, 10.4GT/s, 38.5 M Cache, Turbo, HT (165W), sistema operativo LINUX-Ubuntu 18.04 LTS 64 Bit e 6 Hard Drivers Bays 1.6TB SSD SAS Mix Use 12Gbps 2.5 in Hot-plug e un GenoDREAM data storage costituito da una DISKSTATION DS1621 con 6 HDD interni da 6TB ciascuno.

Attività didattica, di formazione e di ricerca

Il laboratorio GenoDream offre competenze tecnico-scientifiche per :

• Preparazione di tesi di laurea (sia triennale che magistrale) e di dottorato di ricerca, anche di altri Atenei italiani e internazionali (Erasmus Mundus, Marie Skłodowska-Curie Actions).
• Sviluppo di progetti di ricerca di assegnisti e visiting researcher.